科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用...

剧情以未来想像的年代作为背景，亚细亚联邦共和国与欧洲联合两大阵营战争五十年，亚细亚联邦共和国虽然终获得胜利，但得到的领土却是布满化学武器与辐射污染的荒芜大地，亚细亚联邦共和国的军政府亟欲找出细胞快速重生繁殖的方法，负责该…