经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救…

该故事的舞台设定在系列作品的原点——先代《苍天之青玉》活跃的年代。经过艰辛的最终决战得以生还的人类，封印以前众多的高科技技术，并将世界的命运委托给身为主人的王侯贵族及其命脉相连，拥有超常能力的少女“乙HiME”。数度的战乱虽…