在遥远的过去，因开采无限能源而招来涅加尔的侵袭、流亡至地球的异星幸存者，为地球创造了神代遗迹及文明延续至今。当地球面临同样的危机时，封存在遗迹中的巨大机器人苏醒，为了寻找在涅加尔袭击中下落不明的姐姐，...

仙魔大战二十之后，三界达到了微妙平衡的状态。而正此时，身负重要秘密的少年叶不归脱离了剑灵仙岛的保护，出现在众人眼前。他的出现打破了平衡，随着战争结束沉寂了二十年的阴谋重新浮现，少年在试图保护世界的同时，也知道了自己的身世…