十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有…

故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃 配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介 配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎 配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今…

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行…

某一天，太平洋的中心突然出现了一片新的大陆，后来人们称之为圣洲。圣洲有着与现今所知的人类世界完全不同的生态系统，全新的物种，各种奇妙的自然现象，珍惜的矿物，这片大陆代表着无尽的未知和财富，同时也隐藏着未知的危险。每年有9…