Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

　　穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与…

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。…

穆德失踪后，史考莉返回FBI总部请约翰·道吉特探员帮忙寻找她的搭档，但无任何结果。于是，她与史基勒一起找到了孤枪侠，希望能够发现穆德失踪时UFO的活动情况以从中找到线索。经过一番调查，他们发现了一个名叫吉布森·佩雷茨的人，但此…