美军阿拉巴马号核子潜水艇再次出航任务时却意外进入时光隧道，只有狄更斯舰长一人生还，虽然X与大众怀疑他的说词，但是蓝斯博士却肯定这可能性，并请他担任时光之旅的潜水艇指挥官，与漂亮能干的马杰丽女博士，重闯神秘百慕达三角洲。他…

凯斯特（尼古拉斯?凯奇 Nicolas Cage 饰）是一个恐怖分子，他本想杀死探员西恩（约翰?特拉沃塔 John Travolta 饰），却误杀了西恩的儿子，西恩更与凯斯特结下不共戴天之仇。在逮捕凯斯特归案之后，他以为可以划上句号，却得知凯斯特已经…